Di kabupaten Nganjuk sudah ada lembaga pendidikan mulai dari jenjang kanak – kanak hingga jenjang menengah atas. Banyaknya lembaga pendidikan tersebut diperlukan penanganan yang lebih serius untuk meningkatkan kualitas dan menjaga keberlangsungan lembaga tersebut. Hal inilah salah satu alasan kuat yang melatar belakangi berdirinya Perguruan Tinggi Pangeran Dionegoro di Kabupaten Nganjuk.

Atas saran dan dukungan dari Drs. H. Moh. Maksum Farid, M.Hi selaku Ketua STAI Diponegoro Tulungagung dan Drs. KH. Muhaimin Aziz, M.Hi selaku KAKANDEPAG Tulungagung yang kebetulan sebagai penduduk asli Nganjuk. Para tokoh tersebut memberikan motivasi yang kuat terhadap para alumni STAI Diponegoro Tulungagung yang ada di Kabupaten Nganjuk untuk mempersiapkan studi kelayakan kemungkinan berdirinya perguruan tinggi Islam di kabupaten Nganjuk.

Dari motivasi tersebut muncullah tim kecil untuk mempersiapkan pendirian PTAIS di kabupaten Nganjuk yaitu DR. H. Akhyak, M.Ag, Riduwan, M.PdI, dan Moh.Ali Yusron, M.Ag. Setelah memperhatikan berbagai saran dan masukan dari tokoh masyarakat Nganjuk dan para alumni STAI Diponegoro Tulungagung di Nganjuk. Akhirnya, langkah mulia itu diawali dengan mendirikan Yayasan Pangeran Diponegoro Nganjuk (PADIe). Ketiga orang itulah yang kemudian membidani terbentuknya Panitia TIM pendiri Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta di Kabupaten Nganjuk.

Perguruan tinggi pertama kali berdiri pada tahun 2007 dengan nama Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Pangeran Diponegoro Nganjuk yang hanya mempunyai satu Program Studi yaitu Pendidikan Agama Islam (PAI). Pada tahun 2010 alih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Pangeran Diponegoro Nganjuk dengan tambahan satu Program Studi Ekonomi Syariah (ES).

Tahun 2014, STAI Pangeran Diponegoro Nganjuk mendapat izin penyelenggaraan 7 (tujuh) Program Studi yaitu 1) Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD), 2) Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI), 3) Prodi Ekonomi Syariah (ES), 4) Prodi Hukum Tata Negara (HTN). 5) Prodi Ilmu Al Qur’an Tafsir (IQT), 6) Prodi Akhlak Tasawuf (AT), 7) Prodi Manajemen Dakwah (MD). Ketujuh Prodi tersebut berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 3536 Tahun 2014 tanggal 1 Juni 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Program Sarjana Peguruan Tinggi Agama Islam Swasta.

Kemudian sebulan berikutnya, STAI Pangeran Diponegoro Nganjuk resmi berubah bentuk menjadi Institut Agama Islam (IAI) Pangeran Diponegoro Nganjuk. Hal itu berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 3776 tanggal 7 Juli 2014 tentang Persetujuan Perubahan Bentuk Sekolah Tinggi Agama Islam Menjadi Institut Agama Islam. Dan sejak itulah terdapat 9 Program Studi yang tersebar di 4 Fakultas yaitu:

1. Fakultas Tarbiyah dan Keguruan (FTIK): Prodi Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD), Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI), Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI).
2. Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam (FSEI): Prodi Ekonomi Syariah (ES) dan Prodi Hukum Tata Negara (HTN).
3. Fakultas Ushuludin dan Studi Agama (FUSA): Prodi Ilmu Al Qur’an Tafsir (IQT), Prodi Akhlak Tasawuf (AT).
4. Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam (FDKI): Prodi Komunikasi Penyiaran Islam (KPI), Prodi Manajemen Dakwah (MD).