Universitas Pangeran Diponegoro Nganjuk mempunyai lima misi sebagai berikut:

1. Menyelenggarakan pendidikan yang berkualitas, berwawasan kebangsaan, berkarakter entrepreneurship, berbasis keislaman Ahlusunah Wal Jama’ah.
2. Menyelenggarakan pengabdian kepada masyarakat dalam berbagai bidang keahlian pada tingkat lokal, regional, nasional dan internasional.
3. Mengembangkan jaringan kerja sama yang produktif, bermanfaat dan berkelanjutan.
4. Mengembangkan mutu layanan dan mutu lulusan yang kompetitif, adaptif, akseleratif, dan berintegritas.
5. Menyelenggarakan penelitian kolaboratif, inovatif yang bereputasi pada jurnal terindex nasional dan internasional.